شهدا ارگنایزیشن یک نهاد خیریه غیر دولتی ، غیر سیاسی و غیر انتفاعی است. این نهاد در سال 1988 میلادی برابر با 1366 خورشیدی در شهر کویته پاکستان تآسیس شد.
هدف از ایجاد این نهاد کمک به نیازمندان ، آسیب دیدگان جنگ و مهاجران افغان در پاکستان بود و حالا که بیست سال از تآسیس شهدا ارگنایزیشن می گذرد ، این نهاد با کارنامه درخشانی که دارد بعنوان یکی از بزرگترین نهادهای خیریه افغانی شناخته می شود. بسیاری از مردم مناطق مرکزی در افغانستان بصورت مستقیم و یا غیر مستقیم در بیست سال گذشته از خدمات شهدا اگنایزیشن مستفید شده اند.
شهدا ارگنایزیشن در مدت بیست سال کارش چهار شفاخانه و 15 کلینیک داشت ، شفاخانه شهدا در کویته به درمان و مداوای هموطنان مهاجر مشغول بود و سه شفاخانه و 15 کلینک دیکر در داخل افغانستان بیماران را مداوا می کرد. همه شفاخانه های شهدا دارای بخش های داخله ، جراحی ، اکسری ، آلتراسوند ، واکسناسیون و ولادی نسایی بوده است.
اوراق ثبت شفاخانه ها و کلینک های شهدا ارگنایزیشن نشان می دهد که نزدیک به سه میلیون نفر در این مراکز درمان شده اند.
در حال حاضر شهدا اگنایزیشن سه شفاخانه و پنج کلینیک فعال دارد که بصورت شبانه روزی در خدمت مردم است.
شهدا ارگنایزیشن اعمار و بازسازی ساختمان 100 باب مکتب را در کارنامه اش دارد و در بیست سال گذشته 97 باب مکتب را زیر پوشش داشته است. بیش از شصت هزار پسر و دختر در مکاتب شهدا درس می خوانده اند و نزدیک به سه هزار پنجصد تن از فارغان مکاتب تحت پوشش شهدا ارگنایزیشن به دانشگاهها راه یافته اند.
شهدا ارگنایزیشن در طول بیست سال صدها ساختمان را بصورت اساسی پخته و نیمه اعمار کرده است. این ساختمانها یا مکتب بوده اند و یا هم شفاخانه و کلینیک. این نهاد برای هشتاد خانواده که خانه هایشان در اثر جنگ سوخته بود درمرکز بامیان خانه ساخته است و نزدیک به بیست مرکز عام المنفعه دیگر را نیز ساخته است.
شهدا ارگنایزیشن از بدو تأسیس تا 2001 میلادی توسط داکتر سیما سمر بنیانگذار این نهاد رهبری می شد و در این زمان چندین جایزه معتبر بین المللی ر از آن خود کرد . از آن به بعد توسط به عبدالروف نوید یکی دیگر از مؤسسان شهدا ارگنایزیشن اداره می شود.
دفتر مرکزی شهدا ارگنایزیشن در کابل است و ده دفتر محلی دارد.
بخش های کاری شهدا ارگنایزیشن از این قرار است: