یکی از بخش های کاری شهدا ارگنایزیشن بخش ساختمانی است. جنگ در افغانستان سبب شد که در شهرها بسیاری از زیربناها و تآسیسا عام المنفعه تخریب شود و یا هم به کلی از بین برود اما در روستاهای کشور توسعه نیافته ی ماند افغانستان ، چنین تأسیساتی بسیار اندک بود و در بسیاری مناطق به جرات می توان گفت که اصلا وجود نداشت. مثلا در سراسر مناطق مرکزی که ساحه کار شهدا ارگنایزیشن بود ، 10 ساختمان کانکریتی و به اصطلاح پخته دیده نمی شد. شفاخانه شهدا در جاغوری که توسط شهدا ارگنایزیشن ساخته شده است ، تا حالا بزرگترین بنای کانکریتی در هزاره جات به شمار می آید. تعمیر شفاخانه شهدا لیسه عبدالغفور سلطانی، لیسه دخترانه شهدا تعمیرهای آشیانه سمر و مکتب تخنیک مرکز ولسوالی جاغوری را خیلی متفاوت از دیگر ولسوالی ها می نمایاند. در مرکز بامیان که از مشهورترین مناطق افغانستان است و در مرکز افغانستان موقیعت دارد سه چهار ساختمان بزرگ و کانکریتی وجود دارد که به جز ساختمان ولایت سه ساختمان دیگر آن توسط شهدا ارگنایزیشن ساخته شده است.
شاید بزرگترین بنای ساختمانی در ولسوالی بهسود ولایت میدان وردک شفاخانه تگاب باشد. ساختمان این شفاخانه اگر چه توسط دولت در زمان داود خان ساخته شده بود اما این ساختمان پیش از آنلکه به بهره برداری سپرده شود تبدیل به سنگر جهاد مجاهدین شد و سالها سنگر بود. در این سالها این ساختمان نه تنها مراقبت و نگهداری نشده بود بلکه بسیاز از قسمتهای آن در اثر جنگ آسیب جدی دیده بود. شهدا ارگنایزیشن این بنای عام المنفعه را بصورت اساسی باز سازی کرد و آن را او دوباره به مرکز درمان مدرم تبدیل کرد. بسیاری از قسمت های این ساختمان واقعآ نیاز داشت که از نو ساخته شود. سیستم آب و برق آن کاملا تجدید شد و تجهیزات لازم در آن جابجا شد.
شفاخانه یکاولنگ نیز دو بار توسط شهدا ارگنایزیشن بازسازی شده. شهدا ارگنایزیشن می تواند با کمال افتخار ادعا کند که در اکثر ناطق محروم و بی همه چیز مناطق مرکزی نشانی از خود بجا گذاشته است. شهدا ارگنایزیشن در حریان 20 سال کارش در افغانستان صدها ساختمان را بصورت پخته و اساسی اعمار کرده است. نکته مهمی که قابل یاد آوری است این است که شهدا برنامه ویژه و جداگانه ای ساختمانی نداشته است بلکه تنها زمانی اقدام به کار ساختمانی کرده که برای اجرای برنامه های اساس اش یعنی تعلیم و تربیه و صحت نیاز بوده. از یان نظر می توان گفت کارهایی را که شهدا ارگنایزیشن در زمینه ساختمانی انجام داده درواقع ممد برنامه های اساسی شهدا ارگنازیشن بوده است. فهرست کارهای ساختمانی انجام شده توسط شهدا ارگنایزیشن نشان می دهد که 220 ساختمان توسط شهدا ارگنایزیشن احداث و یا هم بازسازی شده است که بیش از شصت در صد آن ساختمان مکتب و بقیه کلینک ، شفاخانه و یا خانه های مسکونی اند.
شهدا ارگنایزیشن تمامی کارهای ساختمانی اش را توسط انجنیران این موسسه و کارگران محل ساخته است. به این ترتیب، می توان گفت برای هزاران نفر از ساکن محل از طریق اجرای برنامه های ساختمانی شهدا ارگنایزیشن کار ایجاد شده است. در ساختن برخی از ساختمانها مردم محلی نیز با موسسه شهدا ارگنایزیشن کمک کرده اند، مثلا چوب پوشش شماری از مکاتب را مردم بصورت داوطلبانه به عهده گرفته اند و یا زمینن و محلی که کلینک ها ، شفاخانه ها ولیسه ها در آن بنا شده از سوی مردم تثبیت و در اختیار شهدا ارگنایزیشن قرار داده شده است.
همکار مردم با این نهاد به دو معنا است یکی اینکه مردم به کار این موسسه اعتماد داشته اند و مطمئن بوده اند که شهدا ارگنایزیشن کمک آنها را به درستی مصرف می کند. معنی دوم همکاری مردم این است که شهدا ارگنایزیشن در عرصه هایی سرمایه گذاری کرده است که مردم واقعا نیاز داشته است. از این رو مردم برای رفع نیازهای اساسی شان با این نهاد که به کار و برنامه های آن مطمئن بودند همکاری کردند. چنین برخوردهایی نشان می دهد که مردم وقتی به نهادی اعتماد کنند بصورت داوطلبانه با آن نهاد همکاری می کنند. توضیح جز به جز کارهای ساختمانی شهدا ارگنایزیشن در این گزارش ممکن نیست از این رو تنها به یاد آوری فهرست ورا از آن اکتفا کردیم.

ساختمان های که توسط شهدا ارگنایزیشن اعمار گردیده است